生瓜子存放三年变质可能由储存环境潮湿、氧化酸败、霉变污染、虫蛀侵蚀、油脂变质等原因引起。
瓜子吸湿性强，湿度超过10%易滋生霉菌。建议选择阴凉干燥处存放，使用密封罐或真空包装，发现受潮后需晾晒或低温烘干处理。
不饱和脂肪酸接触空气后产生哈喇味。可将新鲜瓜子分装成小份冷冻保存，已氧化的瓜子可用沸水焯烫后晒干去除异味。
黄曲霉菌等毒素耐高温，霉变瓜子务必丢弃。日常储存可放置食品干燥剂，定期检查有无绿色或黑色霉斑。
象甲虫等害虫会蛀空瓜子仁。储存前用微波炉中火加热2分钟灭卵，虫蛀瓜子需过筛分离，严重蛀蚀者不宜食用。
长期存放导致脂肪酸分解。新鲜瓜子油脂含量约50%，建议购买后半年内食用完毕，变质瓜子可提炼工业用油但不可食用。
日常保存生瓜子可将未开封原包装置于-18℃冷冻室，开封后转移至玻璃密封罐并放入花椒包防虫。食用前检查是否有霉味或变色，轻微变质可煮沸后制作饲料，严重变质需作垃圾处理。搭配红枣、山楂等食材煮水饮用有助于消化代谢，运动后适量食用新鲜瓜子可补充锌、镁等微量元素。
