阿米巴痢疾可选用白头翁、黄连、黄柏等中药治疗，常用方剂包括白头翁汤、葛根芩连汤。中药主要通过清热解毒、凉血止痢发挥作用，需在医师辨证指导下使用。
白头翁为治疗热毒血痢要药，其有效成分白头翁素能抑制阿米巴原虫繁殖。经典方剂白头翁汤以本品为君药，配伍黄连、黄柏等，对急性发作期里急后重、脓血便效果显著。现代药理证实其对溶组织内阿米巴滋养体有直接杀灭作用。
黄连所含小檗碱具有广谱抗菌抗寄生虫作用，能破坏阿米巴原虫细胞膜结构。常与木香配伍制成香连丸，适用于腹痛腹泻明显的湿热型痢疾。研究显示黄连提取物可降低阿米巴原虫对肠黏膜的黏附能力。
黄柏清热燥湿功效显著，常与白头翁、黄连组成复方。其所含生物碱可通过干扰阿米巴原虫代谢酶系统抑制其生长，对慢性迁延期伴低热、黏液便者尤为适宜。体外实验表明黄柏水煎剂能显著减少阿米巴包囊形成。
马齿苋鲜品捣汁服用对轻型阿米巴痢疾有效，其黏液质可保护肠黏膜，所含黄酮类物质能缓解肠道炎症。民间常用其与红糖煎服，现代研究证实其提取物能降低阿米巴原虫的移动活性。
鸦胆子仁油对肠道寄生虫有特异性毒性，传统用法将仁油装入胶囊吞服以避免刺激胃黏膜。需严格控制剂量，过量易引起恶心呕吐。临床报道其与白头翁配伍可提高虫体清除率。
治疗期间宜进食藕粉、山药粥等健脾护肠食物，避免辛辣油腻。慢性患者可配合艾灸关元、足三里等穴位增强体质。急性发作伴高热、脱水或便血量大时需及时就医，中药治疗应配合现代医学病原治疗。愈后可用茯苓、白术等健脾中药调理三个月预防复发，注意饮食卫生以防重复感染。
