种球贮藏方式为干藏方式，即将种球放入浅篮内，浅篮高度以不超过15cm且具有通气洞为佳;每一浅篮内所放置的种球，尽量不要堆积太多，而以不超过二层种球为原则;较小的种球(直径小于2cm者)可用木屑或蛭石来保持湿度，避免小球失水过多。
(二)种球贮藏温度依彩色马蹄莲种球目的而定：1、打破种球休眠之贮藏：依彩色马蹄莲品种而异，一般建议于贮藏温度13～15℃下最少2个月，而由于贮藏方式为干藏，因此相对湿度宜为75～90%;相对湿度若低于50%会造成种球失水过多，影响种球品质。
2、种球长期贮藏：贮藏温度为7～10℃之间，可贮藏6个月以上，相对湿度(RH)仍应维持在75～90%。
贮藏温度不宜过低，若低于5℃，则种球易受寒害，影响日后开花品质。
扩展阅读：彩色马蹄莲与其他马蹄莲的区别白梗马蹄莲：块茎较小，生长较慢。
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